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Le supercalculateur le plus rapide au monde est déployé contre le coronavirus

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Le département américain de l’Énergie a annoncé que le supercalculateur Summit sera utilisé pour tenter de trouver un traitement ou un remède contre le Covid-19. Pour clarifier : Le nom du coronavirus qui cause le Covid-19 est SARS-CoV-2. Merci à Maya Posch d’avoir attrapé cette distinction.

Summit est une machine de 10 MW construite avec 4 608 nœuds de traitement. Chaque nœud contient 2 processeurs Power9 à 3,07 GHz et six GPU Nvidia Volta V100. C’est le supercalculateur le plus rapide sur Terre, avec une performance démontrée de 148,6 pétaFLOPS en Linpack et des performances maximales de plus de 200 pétaFLOPS.

La raison pour laquelle le DoE utilise le supercalculateur le plus rapide du monde pour le projet est qu’essayer de trouver des méthodes pour inhiber ou attaquer un virus est un problème informatique exigeant. IBM écrit:

Lorsqu’ils essaient de comprendre de nouveaux composés biologiques, comme les virus, les chercheurs des laboratoires humides cultivent le micro-organisme et voient comment il réagit dans la vie réelle à l’introduction de nouveaux composés, mais cela peut être un processus lent sans ordinateurs capables d’effectuer des simulations numériques. pour réduire l’éventail des variables potentielles, mais même dans ce cas, il y a des défis. Les simulations informatiques peuvent examiner comment différentes variables réagissent avec différents virus, mais lorsque chacune de ces variables individuelles peut être composée de millions, voire de milliards de données uniques et aggravée par la nécessité d’exécuter plusieurs simulations, cela peut rapidement devenir très long. -processus intensif utilisant du matériel de base.

La vidéo ci-dessous résume le travail que les scientifiques ont effectué à l’aide de Summit. Grâce au supercalculateur, les chercheurs ont criblé 8 000 composés en quelques jours et identifié 77 composés à petites molécules potentiellement bénéfiques qui montrent des preuves d’inhibition du SRAS-CoV-2.

« Summit était nécessaire pour obtenir rapidement les résultats de simulation dont nous avions besoin. Cela nous a pris un jour ou deux alors que cela aurait pris des mois sur un ordinateur normal », a déclaré Jeremy Smith, président du gouverneur à l’Université du Tennessee, directeur du Centre UT/ORNL de biophysique moléculaire et chercheur principal de l’étude. « Nos résultats ne signifient pas que nous avons trouvé un remède ou un traitement pour le COVID-19. Nous avons bon espoir, cependant, que nos découvertes informatiques éclaireront les études futures et fourniront un cadre que les expérimentateurs utiliseront pour étudier plus avant ces composés.

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Si vous avez lu que Covid-19 est similaire au SRAS à certains égards, les premières enquêtes sur le virus sont ce qui a conduit à cette conclusion. Le SRAS et le coronavirus partagent certaines stratégies d’infection communes, ce qui a conduit à espérer qu’un agent inhibiteur puisse être trouvé. À l’aide de Summit, Micholas Smith (pas une faute de frappe) a testé la façon dont les composés se liaient au «pic» de la protéine S pour découvrir ce qui pourrait réduire les chances de réussite de l’infection. Depuis que ce travail initial a été effectué, un modèle plus précis de la protéine S du coronavirus a été publié. L’équipe utilisant Summit prévoit de relancer son analyse initiale en utilisant le modèle plus détaillé, ce qui peut éliminer certains composés de la liste ou en placer d’autres au sommet.

Les scientifiques ont souligné que tout leur travail doit être testé expérimentalement, mais nous ont maintenant vu des preuves que les ordinateurs peuvent être utiles pour ces types de calculs. Bien qu’il n’en soit qu’à ses débuts, les scientifiques ont commencé à découvrir de nouveaux traitements médicamenteux grâce à l’utilisation de l’apprentissage automatique.

Le nombre de coronavirus dans le monde augmente à un rythme accéléré depuis que le virus s’est échappé de Chine. Le meilleur jour pour le virus depuis le début du suivi a été le 19 février, lorsque 516 nouveaux cas ont été enregistrés. Au 28 février, nous étions à 1 503 nouveaux cas. Le 10 mars, 4 390 nouveaux cas de coronavirus ont été enregistrés. Le nombre de personnes infectées par jour par Covid-19 a été multiplié par 2,92 en seulement 11 jours. C’est beaucoup moins grave que les scénarios apocalyptiques généralement envisagés dans les films sur les catastrophes médicales, mais cela reste un taux de croissance élevé. Si cela continue, nous envisagerons 12 822 nouveaux cas par jour d’ici le 22 mars et 37 441 Nouveau cas par jour avant le 2 avril.

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La bonne nouvelle, cependant, est que le nombre total de cas graves/graves continue de baisser en termes absolus. Selon Worldometers.info, qui semble maintenir un suivi quotidien à jour, le nombre total de cas graves / graves est passé de 11 553 le 22 février à 5 771 le 10 mars. Il n’y a eu qu’un seul jour entre les deux où le nombre des cas graves ont augmenté et ce fut un petit bond, de 6 272 à 6 401. Les chiffres ont repris leur déclin à la baisse.

La question de savoir si le Covid-19 va avoir un impact significatif sur l’économie mondiale a déjà été répondue : oui. Peu importe ce qui se passe maintenant, les chiffres du premier trimestre vont être détruits à tous les niveaux. Un certain nombre de grandes conférences ont été annulées, privant les communautés locales de revenus. Les compagnies aériennes signalent une forte baisse des vols comparable au coup qu’elles ont subi après le 11 septembre. Avec des usines chinoises fermées pendant des semaines, l’ensemble du pays italien en quarantaine et des dizaines de millions de personnes pratiquant désormais la distanciation sociale (volontairement ou non), la question de savoir si nous allons ressentir l’impact aux États-Unis est claire. : Nous sommes. Cela peut prendre du temps à arriver – l’impact économique des événements sur des côtes éloignées peut se propager à des vitesses variables – mais les ralentissements et les annulations frappent déjà les entreprises.

Cela signifie-t-il que vous devez courir et acheter deux tonnes de produits en papier jetables ? Non. Mais cela signifie que, d’une manière ou d’une autre, Covid-19 va affecter nos vies dans une certaine mesure. La guerre du pétrole qui a débuté cette semaine entre la Russie et l’Arabie saoudite est un excellent exemple de la façon dont le SRAS-CoV-2 pourrait déclencher une récession mondiale même si le risque médical s’avère plus faible que prévu. Avec les Russes et les Saoudiens qui contribuent à voir qui peut facturer le moins cher pour le pétrole, la production américaine de pétrole de schiste pourrait devoir s’arrêter si les prix chutent trop. Cela aurait également son propre impact sur l’économie américaine.

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Personne ne sait encore où va ce train, mais nous sommes tous à bord ensemble.

Mise à jour: La consommation d’énergie de Summit a été répertoriée à tort comme 10KW parce que j’ai en quelque sorte maillé « 10K » comme dans 10 000 et 10KW (comme dans la puissance). Toutes mes excuses pour l’erreur. La consommation électrique officielle de Summit est de 10 096 kW selon le TOP500.

Crédit image supérieure : Carlos Jones/ORNL, CC PAR 2.0

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