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Le client Folding@home peut maintenant fonctionner sur des superordinateurs – High-teK.ca

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Plus tôt cette semaine, lors de la conférence SC11 sur le supercalcul, les chercheurs du projet de longue date Folding@home ont présenté un nouveau cadre distribué nommé Copernicus, conçu pour permettre à F@h de s’adapter à des environnements dispersés géographiquement. supercalcul groupes. C’est une étape logique pour un projet qui, au fil du temps, s’est développé pour prendre en charge les GPU, les PS3 et tous les principaux systèmes d’exploitation, mais tirer parti de la puissance d’un cluster HPC nécessite plus qu’un port de système d’exploitation et quelques ajustements de conception.

C’est là qu’intervient Copernicus. La mission principale de F@h est de comprendre chaque étape du processus de repliement des protéines. Copernicus, en revanche, permet à l’utilisateur de spécifier les résultats finaux souhaités, plutôt qu’une description détaillée, étape par étape, de la manière de les obtenir. L’environnement d’exécution de Copernicus, en tenant compte de toutes les ressources de calcul disponibles, décompose ensuite les résultats finaux souhaités en packages de tâches spécifiques et efficaces.

Repliement des protéines

D’après ce diagramme, mes écouteurs sont en fait des protéines

Par analogie, considérons les animaux en ballon (sans aucune référence de clown effrayant). Pliage@maison se concentre sur l’examen de chaque pli et torsion qui transforme un ballon en girafe, en lapin ou en Optimus Prime. Il mesure également les erreurs qui se produisent lorsqu’un ballon n’a pas plier correctement et à quoi ressemble la créature mutante qui en résulte.

balloon-animals.com par mbfloydCopernicus permet aux chercheurs de commencer par décrire les caractéristiques de l’animal ballon qu’ils recherchent. Le logiciel est ensuite conçu pour s’adapter aux clusters de supercalcul et tirer parti de leur énorme capacité de traitement parallèle pour localiser les ballons les mieux adaptés. L’un des principaux défis, selon l’équipe de Vijay Pande, était de s’assurer que le logiciel pourrait évoluer efficacement sur de vastes déploiements.

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« Cela ouvre la porte à d’énormes foules de personnes utilisant ces méthodes, qui ont mûri avec Folding@home », a déclaré Pande. « Cette méthode devrait pouvoir utiliser complètement n’importe quel supercalculateur de la planète », a déclaré Pande. « Une mise à l’échelle forte à ces extrêmes est inhabituelle. »

Dans un fil de discussion sur les forums Folding @ Home, Pande a déclaré que, pour l’essentiel, Copernicus est Folding @ home pour les superordinateurs – mais a poursuivi en notant que l’objectif principal du projet était de « prendre toutes les avancées méthodologiques scientifiques dans le backend de FAH et l’apporter à d’autres chercheurs.

Les chercheurs derrière FAH ne contesteraient probablement pas plus de puissance de traitement, mais à ce jour, Folding@home a un réel sortie de quelque 9,075 pétaflops x86. La sortie combinée des plus de sept millions de processeurs du réseau le placerait juste en dessous du supercalculateur TOP500 actuel, K de RIKEN.

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